«Их удалили специально»: ученые восстановили данные о геноме SARS-CoV-2

Сами последовательности ничего не говорят о происхождении вируса, отмечает исследователь, независимо от того, возник ли он естественным путем или в лаборатории. Но оказывается, что до сих пор при изучении происхождения вируса ученые работали с неполным набором данных, и это могло повлиять на результаты.

Благодаря генетическим последовательностям образцов коронавируса можно узнать, как SARS-CoV-2 передался людям от животных, скорее всего, от летучих мышей. Последовательности, полученные на ранних стадиях пандемии, наиболее ценны — они позволяют максимально приблизиться к исходному событию распространения вируса.

Изучая данные, опубликованные различными исследовательскими группами, доктор Джесс Блум из Онкологического центра Фреда Хатчинсона наткнулась на исследование, опубликованное в марте 2020 года, в котором упоминался 241 образец SARS-CoV-2, полученный учеными из Ухани. В исследовании говорится, что генетические последовательности образцов были загружены в Sequence Read Archive, онлайн-базу данных, управляемую Национальной медицинской библиотекой США.

Однако, когда Блум захотел посмотреть на эти последовательности, он не нашел ни одной из них в базе данных.

Заинтересовавшись их исчезновением, он нашел другую работу, в которой упоминались пропавшие последовательности. Узнав, что многие последовательности находятся в Google Cloud и файлы с ними имеют тот же формат, Блум смог восстановить 13 из отсутствующих записей. Более подробно он описал свой опыт в статье, опубликованной на сайте препринтов bioRxiv.

«Кажется вероятным, что последовательности были удалены, чтобы скрыть их существование», — говорит Блум.

Объединив эти 13 записей с уже известными, Блум обнаружил, что эти образцы старше, чем образцы, полученные в 2019 году на рынке Ухани — в них отсутствуют мутации, характерные для этой линии. Подобные последовательности встречались и раньше. Это указывает на существование другой, более ранней линии коронавируса, которая не повлияла на рынок.

В целом, восстановленные последовательности имели больше сходства с коронавирусом летучих мышей, чем образцы с рынка.

«Возможно, наше понимание ситуации в Ухане на ранних этапах может быть несколько ошибочным», — сказал он.

Национальный институт здоровья США подтвердил, что данные были удалены в июне 2020 года по просьбе исследователя, который их изначально предоставил. В учреждении отметили, что это стандартная практика — генетики со всего мира обмениваются информацией в таких базах с самого начала пандемии и периодически вносят изменения в собственные записи.

В свете споров о происхождении SARS-CoV-2 возникает вопрос — удалил ли автор запись, чтобы что-то скрыть? Однако Блум отмечает, что найденные последовательности не поддерживают ни одну из версий.

«Это исследование не предоставляет никаких дополнительных убедительных доказательств в поддержку зоонозной или лабораторной природы вируса», — говорит он. «Скорее, это показывает, что есть дополнительные последовательности с раннего периода пандемии, которые не были известны до сих пор. А некоторые образцы содержат мутации, свидетельствующие о том, что эти образцы эволюционно старше вируса с рынка морепродуктов в Ухане ».

«Это определенно большая работа, и она дает многое для понимания происхождения SARS-CoV-2», — говорит биолог-эволюционист Майкл Спарроу.

Другие ученые более скептически отнеслись к открытиям Блума.

«Если бы эти последовательности были удалены, чтобы скрыть, то попытка провалилась», — сказал Роберт Гарри, профессор иммунологии в Тулейнском университете. — Эти данные не дают никаких новых знаний о генетическом разнообразии SARS-CoV-2 в начале пандемии. На самом деле небольшие ошибки постоянно сопровождают обмен научными данными ».

«Язык работы необычный, он содержит множество предположений и догадок, цитат из сообщений в блогах», — добавляет специалист по патогенезу микробов Эндрю Престон из Университета Бата в Великобритании. — Похоже, автор хотел указать на преднамеренное сокрытие ранних данных о последовательностях из Ухани китайскими властями. Однако это полностью субъективная оценка ситуации, которую будет очень сложно подтвердить или опровергнуть ».

В целом работа подтверждает, что различные варианты коронавируса могли циркулировать в Ухане до первых известных вспышек инфекции, связанных с рынком морепродуктов. Блум и другие надеются, что исследователи, удалившие последовательности из базы данных, объяснят, почему они это сделали.